La Subdirección de Administración y Finanzas depende de la Dirección de Sede Chiloé y es responsable de la administración de los recursos financieros y económicos, los cuales deben contribuir de manera efectiva a la consolidación y desarrollo de las actividades académicas de la Sede Chiloé. Su objetivo es constatar el cumplimiento de las metas, objetivos y acciones de los planes de gestión presupuestados, detectar las desviaciones y sus causas, e informar y efectuar las correcciones correspondientes.

Para realizar esta tarea, apoya su gestión en la Unidad de Gestión de Cobranzas y Matrícula, la cual depende administrativamente de la Subdirección y sigue las directrices de las direcciones centrales pertinentes.