La Contraloría Interna tiene por fin ejercer el control de legalidad de los actos de las demás autoridades de la Universidad, fiscalizar el ingreso y uso de los recursos, asi como la debida aplicación del presupuesto y examinar las cuentas de las personas que tengan a su cargo bienes de la misma; sin perjuicio de aquellas atribuciones que, conforme a las leyes, le corresponden a la Contraloría General de la República. Todo ello, en forma independiente de la organización académica y administrativa de la Universidad.

La Contraloría interna de la Universidad se estructurará considerando el ejercicio por separado de las funciones de control de legalidad y de auditoría interna.

Objetivo:

Propender que el funcionamiento administrativo y académico de la Universidad se adecúen a criterios de legalidad, eficiencia, eficacia y transparencia.

Funciones:

• Informar al Consejo Superior, a lo menos semestralmente, sobre la ejecución presupuestaria de la Universidad. Además, de representar a dicho Órgano Colegiado el déficit que advierta durante el ejercicio presupuestario.
• Efectuar los estudios necesarios sobre la legalidad del contenido y forma de los decretos, con el propósito de asegurar la legitimidad de estos y los demás actos administrativos dictaminados por autoridades de la Universidad, velando para que las decisiones respectivas se adecúen al orden jurídico y a las atribuciones propias o delegadas que a cada autoridad le corresponda; o en su defecto, representar su ilegitimidad o alcances que estime procedentes a la autoridades o directivos que corresponda si aquellos no se ajustan a las disposiciones legales vigentes. 
• Fiscalizar el ingreso y uso de los recursos de la Universidad y la debida aplicación del Presupuesto Institucional.
• Examinar las cuentas de las personas que tengan a su cargo Bienes de la Universidad.
• Realizar funciones de control en los distintos Campus y Sede de la Universidad.
• Promover la adopción de mecanismos de autocontrol en las unidades operativas, administrativas, académicas y proyectos. 
• Velar que la instrucción y tramitación de procesos destinados a determinar responsabilidad administrativas de funcionarios de la Universidad y sus posteriores sugerencias, se adecúen a los procedimientos y normas señalados en la legislación vigente.

La máxima autoridad institucional unipersonal, el Rector, es elegido democráticamente por el cuerpo académico de la Universidad cada cuatro años y ratificado por el Presidente de la República, a propuesta del Consejo Superior, tal como lo indica el Estatuto Orgánico y el Reglamento de Elección de Rector. Entre sus principales atribuciones están:

• Representar judicial y extrajudicialmente a la Universidad;
• Adoptar todas las medidas conducentes a dirigir y administrar la Universidad;
• Nombrar y remover a las autoridades unipersonales superiores;
• Elaborar y proponer al Consejo Superior el Presupuesto Anual de la Corporación y sus modificaciones;
• Rendir una cuenta anual de su gestión ante el Consejo Superior;
• Ejecutar y promulgar los acuerdos y reglamentos que dicte el Consejo Superior.

La gestión del Rector se apoya en cinco Vicerrectorías: (i) Vicerrectoría Académica, (ii) Vicerrectoría de Administración y Finanzas, (iii) Vicerrectoría de Planificación y Desarrollo, (iv) Vicerrectoría de Investigación y Postgrado y (v) Vicerrectoría de Campus Puerto Montt. El Rector preside el Consejo Superior y el Consejo Universitario

La Jefatura de Gabinete cumple una función de apoyo directo a las actividades internas y externas de la Rectoría.

Objetivo:

Asistir administrativa y técnicamente al Rector, mediante la recopilación y sistematización de la información relevante del entorno externo e interno, necesarios para los procesos de toma de decisión de esta Autoridad.

Funciones:

• Coordinar la agenda del Rector
• Coordinar la participación del Equipo Directivo en actos organizados por la Universidad.
• Coordinar las reuniones del Equipo Directivo.
• Asesorar y acompañar al Rector en los actos en los que se le requiera, asi como a los miembros del Equipo Directivo.
• Coordinar y supervisar las distintas áreas de actividad bajo su dependencia.
• Ejercer la jefatura del personal de Gabinete y de las secretarías del Equipo Directivo.
• Resolver problemas presentados a Rectoría, efectuar seguimiento e informar sus resultados al interesado, según corresponda.
• Responsabilizarse de la difusión institucional del Gabinete.
• Recibir y canalizar las peticiones de colaboración institucional.
• Realizar estudios, informes, memorias, estadísticas que facilite la toma de decisiones de la Rectoría. 
• Supervisar la organización y desarrollo del protocolo de actos solemnes y de otros organizados por el Equipo Directivo.
• Asesorar a las unidades que correspondan en el desarrollo de actos no solemnes de la Universidad en los que el Rector o los miembros del Equipo Directivo tienen especial protagonismo. 
• Atender las necesidades coyunturales que puedan darse en las distintas áreas de trabajo, optimizando los recursos humanos existentes. 
• Realizar aquellas otras tareas afines al puesto que le sean encomendadas y resulten necesarias por razón de buen servicio 
• Visar invitaciones recibidas en Rectoría y redireccionarlas a quienes corresponda según el cargo.