El Prorrector/a es una autoridad unipersonal nombrado/a por el Rector de entre los académicos/as Jornada Completa, perteneciente a las dos más altas jerarquías de la Universidad y durará en sus funciones por el tiempo que el Rector determine. Serán funciones de la Prorrectoría de la Universidad de Los Lagos:
Prorectora
D.U 8931 27-07-2023 Nombramiento de Directora de Igualdad de Género
D.U 9101 03-10-2022 Nombramiento Director de Gestión y Aseguramiento de la Calida
D.U 8655 31-05-2022 Nombramiento de Directora de Pueblos Originarios
D.U 8654 29-04-2024 Nombramiento de Director de Formación Continua
D.U 8344 01-04-2022 Nombramiento de Jefe de Unidad de Fiscalía Interna
D.U 8063 15-01-2019 Nombramiento de Jefa de Unidad de Desarrollo Organizacional
D.U 8655 29-04-2024 Nombramiento de Jefa de Unidad de Seguimiento el Egresado e Inserción Laboral