El Prorrector/a es una autoridad unipersonal nombrado/a por el Rector de entre los académicos/as Jornada Completa, perteneciente a las dos más altas jerarquías de la Universidad y durará en sus funciones por el tiempo que el Rector determine. Serán funciones de la Prorrectoría de la Universidad de Los Lagos:
Prorrector
Directora de Pueblos Originarios
Directora de Igualdad de Género
Director de Gestión, Promoción y Aseguramiento de la Calidad
Directora de Formación Continua
Jefa de Unidad de Desarrollo Organizacional
Jefe de Unidad de Seguimiento de Egresado