El Prorrector/a es una autoridad unipersonal nombrado/a por el Rector de entre los académicos/as Jornada Completa, perteneciente a las dos más altas jerarquías de la Universidad y durará en sus funciones por el tiempo que el Rector determine. Serán funciones de la Prorrectoría de la Universidad de Los Lagos:

• Asesora a la Rectoría en materias propias de la función de Rectoría y ejerce directamente todas aquellas funciones y atribuciones que la Rectoría le delegue.
• Coordina la gestión de las Vicerrectorías, promoviendo el trabajo colaborativo y el despliegue de sus respectivas políticas y programas en Campus y Sedes.
• Se integra a la Comisión de Calificación Académica con el propósito de apoyar y velar el cumplimiento de las distintas etapas del proceso y colaborar con la Vicerrectoría Académica en el seguimiento e implementación de los planes de desarrollo de los campus y sedes y de las distintas unidades académicas.
• Apoya al Rector en la definición de un modelo integral de comunicaciones internas y estratégicas que visibilice el quehacer global de la institución y representa a la Universidad ante organismos gubernamentales y de la sociedad civil, como también en instancias consorciadas universitarias de nivel nacional y/o internacional, cuando le sea requerido por el Rector.
• Cautela la correcta ejecución de los proyectos con financiamiento de fondos concursables y supervisa el cumplimiento en la entrega de información ante requerimientos de organismos externos, especialmente Ministerio de Educación, Superintendencia de Educación, Consejo para la Transparencia, entre otros.