El Sistema de Planificación se despliega en dos niveles: a nivel de gestión estratégica y a nivel de unidades académicas.

El instrumento de planificación que ordena el sistema es el Plan Estratégico de Desarrollo Institucional (PEDI), cuya implementación es responsabilidad del Rector con el apoyo de la Vicerrectoría de Planificación y Desarrollo. El PEDI está trazado a doce años plazo. El monitoreo y seguimiento lo realizan los cuerpos colegiados de la universidad: Consejo Superior y Consejo Universitario, a quienes se les va reportando sobre la marcha de la institución.

De los objetivos estratégicos del PEDI, se desprenden los proyectos estratégicos de las Vicerrectorías. A partir de ahí, cada Vicerrector debe elaborar un Plan Funcional de su Vicerrectoría, para establecer los focos de su gestión a cuatro años plazo. El monitoreo y seguimiento a dicho Plan Funcional lo realiza el Rector.

Del Plan Funcional de cada Vicerrectoría surgen los Planes Operativos Anuales (POA) de cada Dirección adscrita a una Vicerrectoría. Ahí se establecen las prioridades y resultados esperados para cada Dirección o Unidad para un año académico, los que deben ser reportados al Vicerrector que corresponda.

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